日本室町时代中叶，当权的幕府威信锐减。野心勃勃的醍醐景光（中井贵一饰），为了成就霸业，而将尚未出生的儿子百鬼丸献祭给48个魔神，他和妖怪定下约定，取走了包括眼、耳、口、鼻等在内的48个器官。
　　一出生就缺少器官部位的百鬼丸，被抛入河中，后来为医生养父（原田芳雄饰）所救，替他制作了义眼、义肢等补足了身上缺失，并命名为百鬼丸（妻夫木聪饰），抚养他长大。为了摆脱自己被诅咒的命运，夺回身体的每一个部分，百鬼丸向占有自己器官的48个魔神宣战，离家踏上征战之旅。
　　在寻找魔神的旅途上，百鬼丸遇到了自称“侠盗”的多罗罗（柴崎幸饰），为了得到百鬼丸手中的宝剑，多罗罗跟随他一起踏上旅程。

　　宝町是一座与时代发展脱节、人口密集的中型工业城市，整日响着轰隆隆机器操作的声音。小黑和小白是被称之为“猫党”的人，可以腾空在城市顶端，可以滑落在纵深空间，小黑会拿着铁棍来狂扁他不喜欢的大人，小白则有着自己天真的想象世界。宝町是一个没有将来的城市，直到一家叫“KIDDY KASTLE”的公司来到这里并想把宝町改造成他们想要的样子时，恶童们知道这是为自己的生活和城市、更是为自己的灵魂而战斗的时候了。
　　这座城市的没有规则、自由自在、清新空气、游乐设施都是属于宝町独有的！

　　故事发生在近未来的日本，政府设立了一块拥有治外法权的特殊地区专门有安置穷凶极恶的罪犯。在这块地区中有一所名为“天堂学园”的中学，孤独的少女亚马尻菊之助是那里的学生，她失去了关于过去的一切记忆。有时，菊之助会在梦中看见父亲驮卫门、哥哥五卫门、直次郎和弟弟吉三，一家人幸福生活在一起。
　　管理天堂学园的是校长生首团十郎，学校里净是些不良学生，暴力横行。转校生小雪成了被众人欺凌的对象。拥有正义感的菊之助拼命保护她，在与不良学生开战时，她突然感到一阵剧烈的头痛。
　　无法无天的亚马尻一家一直是政府的敌人，一年前，他们遭到惨败。特别地带正是为了安置他们而设立的。为了压制菊之助等人的暴力冲动，他们的脑中被植入了电子装置，成了洗脑超音波研究的活体实验品，而主持这项研究的正是团十郎的女儿羽仁井薰子。
　　菊之助发现了自己的身世，想要和家人团聚。亚马尻一家对团十郎一家的大战拉开了序幕……

为了救神谷薰（武井咲 饰），绯村剑心（佐藤健 饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（小泽征悦 饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 饰）则匆匆向东京赶去。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介 饰）的阻击，他一路披荆斩棘，将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决……                                                                      　　本片根据和月伸宏的同名经典漫画改编。

自黑船事件十余年后，闭关锁国的德川幕府正迎来剧烈的变革时刻。倒幕志士群雄并起，幕府派则加大倾轧力度，一时间山河动荡。少年剑客绯村剑心（佐藤健 饰）为了开辟万民自由的新时代，投身至长州藩倒幕军团首领桂小五郎（高桥一生 饰）麾下，并逐渐成长为诛杀清除那些阻挠倒幕之人的急先锋。一时间刽子手拔刀斋的威名传遍京都，而他偶然杀掉的下级武士，却在他的脸颊上留下了第一道无法消退的伤疤。不久之后，剑心邂逅忧郁沉默的女孩雪代巴（有村架纯 饰）。巴留在倒幕志士聚集的场所帮佣，在这一过程中她似乎也让始终绷紧心弦的剑心放松下来。但是被命运和时代所拨弄的二人，等待他们的仿佛只有永生的悲剧……                                                                      　　本片根据和月伸宏同名漫画改编。